这样重大的事件逼得当时值日的给事中参劾申ã时行，参劾的措辞还十分严厉，说他“遁其辞以卖友，秘其语以误君。阳附群众请立之议，阴缓其事以为内交之计”，“陛下尚宽而不诛，高庙神灵必阴殛之”。这意思说，申时行是一个十足的两面派和卖友误君的小人，即使皇上不加处罚，洪武皇帝ຓ的神灵也会对他加以诛戮的7。
万历的去世，失去了最后的缓冲因素า。互相猜忌的小团体至此公开地互相责难。一连串的问题被提出来了：当初先皇对继承人的问题犹豫不决，在中枢任要职的人何以不慷慨直言?王锡爵身为首辅，居然同意先皇提出的三王并封的主张，即皇长子常洛、皇三子常洵、皇五子常浩同时不分高下地并封为王，这是何居心?要不是大臣们缺乏骨气而作迁就，先皇何至把“国本”问题拖延得如此之久，致使后果难于收拾?据说郑贵妃还有谋害皇长子的阴谋，何以不作彻底的调查追究?这些问题，没有法律上的程序可供参照以找到答案，但是在感情上则ท带有强烈的煽动性。提出问题的人自己也未必有寻根究底的决心，而只是利用这些问题作为控诉的口实，把食指指向反对者的鼻子，借此在党争中取得主动。
皇帝的放弃职责并没有使政府陷于瘫痪。文官集团有它多年来形成的自动控制程序。每到属牛、龙、羊、狗之年，北京的会试、殿试照旧举行；地方官和京官按时的考核也没有废止。派遣和升迁中下级文官，用抽签的方法来决定。吏部把候补人员的名单全部开列，一个ฐ官员除了不得出任原籍的地方官或其父子兄弟的上下级以外，他将要出任什么官职，决定的因素不是他的道德或才智，而是出于与事实无关的一根竹签。对于这些例行公事，皇帝照例批准，大多数情况下则ท由司礼监秉笔太监代作朱批。
反对申ã时行的人则仍称他为ฦ妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申ã时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治?
而对着这布置周详的攻击，申时行险些垮台；再加以高启愚一案，他更是被拖到เ了悬崖边上。然而出人意料之外的乃是他顶住了这种攻击。在这危机中摇而不坠，以后重又站稳了脚跟。这是申时行生活史上的一大胜利，使他的政治地位更趋巩固。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须ี提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语