1587๕年又值京察之ใ年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之ใ列。与他前任1้581年的原则ท相反，申ã时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位，于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有三十三人降级或罢免，而且这三十三人，没有一个出于吏部ຖ、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种恕道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生罅隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生罅隙。申时行用恕道待人，又鼓励诚信，就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙。申ã时行的立论并非没有理由á，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
加强行政效率乃是一种手段，张居正的目的，在于国富兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中ณ，伏下了失败的种子。这其中有很多复杂情况，是为外人所未能ม深悉的。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的百分之六十，则再催征其余的百分之四十极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不纳粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新า税之累，所以官方แ只好用种种名义把未收的部分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主ว没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“倩人代杖”。南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名，“其乡人最无赖”，此地可称“鬼国”。
文官绝大多数由科举出身。最低级的考试合格者称为生员；生员应三年一度的乡试，合格者称为举人；举人参加在北京的会试殿试，合格者称为进士。举人得授九品官职；进士得授七品官职。此处尚有监生、贡生等名称，也都可以经过一定的途径得到官职。总之ใ，科举制度以各种考试的办法选拔人才，考来考去，全国的读书人被网罗而应试的总数当在百万以上，其中文理通达的即可由此而登仕途。
因为他们都是读书明理之人，他们也具有无背于圣贤之道的幽默感。这种爱好幽默的情趣，尤其在他们谈论揶揄鸿胪寺礼官时表现无遗。他们所谓“元哭王唱，姜辣李苦”，对于这几位赞礼官古怪的声调作了很准确的描写。虽然在行礼时候，他们个个一本正经，散班之后却总是有很多令人捧腹的故事在他们中间流传，譬如说礼官自己้忘了转弯，唱转而不转，武臣不等赞礼官唱跪而先行下跪等等。
这又是说来话长。
这自然会使申时行感到เ伤心。他曾写信给朋友诉苦，说他处于无可奈何的境地。他还写诗责备自己的无能：“王师未奏康居捷，农扈谁占大有年?衮职自惭无寸补，惟应投老赋归田!”意思说军队没有打胜仗，农民没有享丰年之ใ福，可见他自己位居高官，对国事毫无贡献，自应退休，返里归乡。然则申时行并不真是一个容易灰心的人。在发完牢骚之后，他仍然抖擞精神，继续执行他首辅的职责，摊开奏本，用楷书端端正正地写上，请求陛下以社稷为重，保养玉体，但是经筵决不可长期停止，太祖洪武皇帝ຓ，经筵讲到七十岁仍然坚持不息。他同时又和朋友通信，指出局势艰难，“上下否鬲，中外睽携，自古国家未有如此而能ม久安长治者”。
2据《大明会典》卷39页1～7；《春明梦馀录》卷27๕页5；taxaທtionaທndgovernmentalfinancນe页48、1้84。