阳历十月，工部的一位官员因为皇帝ຓ允诺的册立太子的期限在即，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编造预算，呈请皇帝批准。皇帝的朱批使全体文官为之瞠目咋舌。朱批说，他早已声明不准臣下在一年之内催促他立储，这个ฐ工部官员借编造预ไ算为名而行催促之实，这就是违反了他的命令，而他也就必须按照声明中ณ所说的那样，把立储延后6。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑，人君如此缺乏诚意，他将用什么来维持威信，统治国家?于是他们联名奏请皇帝收回这一朱批，并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现，因为申时行正在病中，内阁大学士的联名呈请，由二辅许国执笔，但这份奏章仍然由申时行领ๆ衔。
在这一年里，群臣遵照ั万历的意见不再以立储相催促，但却都感到了气氛的沉重。也有很多人怀疑申ã时行已经为皇帝所利诱，而在运用他的声望引导京官，使他们拥护常洵。1591年春天，万历打算授予申时行以太师，这是文官的最高职衔，即使是张居正，也只是在临死前才得到เ了这样的荣誉。申时行坚决辞谢，万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄，这也是没有前例的。申时行又一次极其惶恐地声称他没有功德可以接受这样的恩赐。以上的提议虽然都没有成为事实，但是已๐经使申时行感到窘迫4。这种特殊的宠信使别人因羡生妒，给他执行皇帝和百官的联络职务增添了困难。申时行纵然以长厚著称，但官员们决不会愿意这个位极人臣的首辅再立下拥立太子的新功。就在这时候，他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历九月，福建佥事李琯参劾首辅，说申时行主持的大峪山陵寝工ื程出了问题，按照ั他的情报，地基内已๐有水涌出5。这位远在数千里外的地方官，冒着丢â掉前程的危险来参劾首辅，其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝ຓ的信任，但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位，如果你不对全体文官负责的话。这位上书言事的官员在事后被革职为ฦ民，但在文官们看来，这种牺牲决不会是没有意义แ的。此人既已博得了忠臣的名声，而他的计算如果正确，他日复职加官，也是意中之事。
于是有良心的官员觉得无法执行他们的任务，只好提出辞呈。万历以同样的态度对付这些辞呈，既不援例慰留，也不准离职。有的官员在忿怒之ใ余径自挂冠而去，吏部建议对他们追捕而加以究问，万历同样还是置之不理。到他临朝的后期，一个文官自动离职就意味着一个名位已๐被废革，因为不再有人补缺。
各种法定的礼仪在照ั常举行，但是皇帝ຓ已经不再出席。高级的职位出缺，他宁可让它空着而不派人递补，使那些文官们除了极少数的人以外已不再有升迁到最上层的希望。臣僚们抗议的奏章不断向他提出，他也不加答辩。他知道，只要在奏本上一加朱批，不论是激烈的驳斥还是冷静的辩说，这些朱批和原来的奏折都要送到给事中的办公室里传抄公布，这就正好中了那批抗议者的下怀，使他们达到了沽名买直的目的而暴露了自己缺乏雍容的气度。最合适的办法就是把这些可恶的奏本留中，即扣押在宫内不加批示。
事都逢迎内阁旨意，言外之ใ意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学谟却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由á是他在选择皇帝陵基的地址时，没有广泛地听取堪舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学谟已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申ã时行的次子申用嘉。
在1583年的夏天到1้585的夏天，申时行似乎感觉到เ有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个入翰林院，申时行当日为会试时主试官之ใ一，难道和他没有关系?这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申ã用懋。再接着他们又弹劾吏部ຖ尚书杨巍，说他用人办
即算本朝推行伦理道德以作为ฦ治国的标准，收效不如理想，可是也别ี无更好的办法。假如没有这些观念和原则，我们政府靠什么而存在?如果放弃“四书”上说的正心诚意，仁民爱物，嫂溺则手援，如何能使两千名京官对事情有一致的看法?又如何能使一万八千名地方แ官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”?我们还有什么更好的标准去教育全国约一百万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻?个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱熹注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
申时行既然身居首辅，他不能不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部院寺，各有其官方的组织，但是背后又有他们的私人派系。他有一次在给朋友的信内提到这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别。可是他有什么办法?他自己还不是依靠张居正的栽培才有