各种法定的礼仪在照常举ะ行，但是皇帝已经不再出席。高级的职位出缺，他宁可让它空着而不派人递补，使那些文官们除了极少数的人以外已不再有升迁到最上层的希望。臣僚们抗议的奏章不断向他提出，他也不加答辩。他知道，只要在奏本上一加朱批，不论是激烈的驳斥还是冷静的辩说，这些朱批和原来的奏折都要送到给事中的办公室里传抄公布，这就正好中了那批抗议者的下怀，使他们达到了沽名买直的目的而暴露了自己缺乏雍容的气度。最合适的办法就是把这些可恶的奏本留中，即扣押在宫内不加批示。
迫于强大的舆论压力，他不得不放弃自己的打算。但是他的屈服是带着仇恨的。皇长子被封为太子，皇三子被封为福王到河南之国，从此皇帝的心灵上就留แ下了永久的伤痕，他的臣僚也再没有机会能使他按照ั他们的意志执行他的任务了。皇帝仍然是皇帝，但是再也不愿意做任何事情使他的文官快意。像这样又二十年。
在1583年的夏天到1585๓的夏天，申时行似乎感觉到有一个ฐ政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个入翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系?这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针ฤ对申时行的长子申用懋。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办
他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日凡被目为张居正的私人，都要费一番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵使他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已十九岁左右，嘴唇上和颔下已๐长出了稀疏的短须，俨然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左ุ右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到เ，在他前任八个首辅中ณ，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正六人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
申时行既然身居首辅，他不能不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部ຖ院寺，各有其官方的组织，但是背后又有他们的私人派系。他有一次在给朋友的信内提到这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别。可是他有什么办法?他自己้还不是依靠张居正的栽培才有今天的地位?申时行不是理想家，他深知人类的弱点不能ม完全避免，张居正一案已成过去，他现在的任务是要竭诚帮助年轻的皇帝治理国家大事，当务之急是增加文官之间的互相信赖，与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。正因为如此，他被很多人目为放弃理想以妥协为前提的政客。然而还有人比他更为务实，认为所有伦理道德全是空中楼阁，最多也不过是一种理想和一种装饰。对这种看法，申时行也不能ม同意。理想与装饰究竟不同于虚伪，一个人仍能以此作为去推行他的诚意。
各式各样的社会关系也使他们结成小集团。出生于一省一县，是为ฦ“乡谊”。同一年考中举人或进士，是为“年谊”；同年的举ะ人或进士就像学校里的同班一样，在原则上有彼此关照的义务，他们的考官则不消说是终身的恩师。婚姻关系，包括男女双方的远亲近属，是为“姻谊”。这多种的“谊”是形成文官派系的一个主要原因。各派系的主要人物亦即后台老板就有提拔新进的义务；私人的困难，可以协助解决，错误也可以掩饰。被提拔的和被帮助的当然会对后台老板效忠卖力，终身不渝。
在正面阐述圣贤之道的时候，讲官可用极委婉的言辞，在不妨碍尊严的条件下对皇帝ຓ作必要的规劝。皇帝ຓ在经筵上可以提出问题，甚至说明他不同的观点，但是责问或指斥讲官，
这种繁文缛节乃是当日国家中ณ一种重要制度。经筵的着眼点在发挥经传的精义，指出历史的鉴戒，但仍然经常归结到现实，以期古为今用。称职的讲官务必完成这一任务，如果只据章句敷衍塞责或以佞辞逢迎恭维，无疑均属失职，过去好几个讲官就曾因此而被罢免6。