在158๖3年的夏天到เ1585๓的夏天，申时行似乎感觉到有一个政治上的黑箍套在自己脑แ袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为ฦ他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个入翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系?这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用懋。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须ี提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为ฦ地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已๐为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
申时行既然身居首辅，他不能ม不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部院寺，各有其官方แ的组织，但是背后又有他们的私人派系。他有一次在给朋友的信内提到เ这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别ี。可是他有什么办法?他自己还不是依靠张居正的栽培才有今天的地位?申ã时行不是理想家，他深知人类的弱点不能完全避免，张居正一案已成过去，他现在的任务是要竭诚帮助年轻的皇帝治理国家大事，当务之急是增加文官之ใ间的互相信赖，与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。正因为如此，他被很多人目为放弃理想以妥协为前提的政客。然而还有人比他更为务实，认为所有伦理道德全是空中楼阁，最多也不过是一种理想和一种装饰。对这种看法，申时行也不能同意。理想与装饰究竟不同于虚伪，一个人仍能以此作为去推行他的诚意。
天下的大道理都可以用常情来度量。即便是最为严å格的教条，也承认因情理而发生的例外。譬如说一个人对自己的嫂嫂应当敬爱而又经常保持距离，但是当嫂嫂掉进水里，那就不是再保持距离的时候，而一定要用手拉她。这种原则和例外，亦即古人所说经和权。这些关系，文官们也无疑ທ地了如指掌。
正是对上述意义有了深切的理解，申时行更不能ม无愧于中，因为ฦ他所尽的心力，并未达到预期的效果，这有事实为证：15๓86๔年的新秋，二十三岁的皇帝降下谕旨，说他早晨起床后突然感觉头晕脑胀，需要停止早ຉ朝和出席经筵、日讲；