这一大规模的抗议使龙心赫然震怒。申时行获知皇帝的反应，立即呈上一份揭帖，说明内阁的联名奏章虽然列上他的名字，他事先却并未与闻。被孤立的皇帝亲自在朱批中感谢申先生对他的忠爱之忱。事情本来可以在这里结束，因为大学士的揭帖系秘密文书，经过御览以后向例是退回本人而不公布的。但是这一揭帖偏偏为许国所截获，他就毫不客气地送交给事中办公室抄录公布。申时行立刻向给事中索回原件不准公布，但其内容已经在文官中传遍，而且这种索取已发科抄写的文件也属违背成宪。
万历的去世，失去了最后的缓冲因素。互相猜忌的小团体至此公开地互相责难。一连串的问题被提出来了：当初先皇对继承人的问题犹豫不决，在中枢任要职的人何以不慷慨直言?王锡爵身为首辅，居然同意先皇提出的三王并封的主张，即皇长子常洛、皇三子常洵、皇五子常浩同时不分高下地并封为王，这是何居心?要不是大臣们缺乏骨气而作迁就，先皇何至把“国本”问题拖延得如此之久，致使后果难于收拾?据说郑贵妃还有谋害皇长子的阴谋，何以不作彻底的调查追究?这些问题，没有法律上的程序可供参照以找到答案，但是在感情上则带有强烈的煽动性。提出问题的人自己也未必有寻根究底的决心，而只是利ำ用这些问题作为控诉的口实，把食指指向反对者的鼻子，借此在党争中取得主ว动。
皇帝和他的臣僚熟读诗书，知道经典史籍赞成臣下向无道之君造反。但这无道必须到达桀、纣的程度，即以极端的残暴加之于臣僚和百姓。现在的万历皇帝却并非如此，而且除了不理上述性质的文件以外，他照常批阅其他奏章。也就是说，他的消极怠工，放弃自己的职责，是有所选择的，他自己可以理直气壮地表示，他是在奉行道家“无为而治”的宗旨。对于这种情况，臣僚们是找不到เ任何经典中的训示来造反的。所以，不满甚至愤激的情绪尽管不断滋长，却始终没有发展成为“诛独夫”或者“清君侧”的内战。
反对申时行的人则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则ท。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治?
这种攻击是经过深思熟虑，按照预ไ定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”。攻击者常常从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小官的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公