1920年7月1้4๒日，直皖开战。
论两军的装备，皖军占绝对优势——还有运输机提供后勤服务，但是皖系方面的边防军成军不久ื，训练不足，官兵没有作战经验。更为ฦ重要的是，皖军将领ๆ自负轻敌，段芝贵竟然于两军拼命之ใ时在指挥车上打麻将，正是应了“骄兵必败”那句老话。
大总统黎元洪于7月2日密令其政敌段祺瑞为国务总理，意图接续民国香烟。
早在1้91้7๕年7月初，孙中山闻知复辟消息，觉得是个好机会，便于3日在上海召集在沪之陆海军及国民党要人讨论拥护共和出师讨逆的大计。他认为ฦ既然黎元洪已经辞职，国会也已๐解散，决定在南方另行召集国会，组织临时政府，并准备出兵讨逆。此举到เ底是否合法历来众说纷纭，这里且不去管它。孙于4日致电参众两ä院议员，号召议员南下护法——护法者，保护临时约法也。
直皖战争后，福建督军李厚基试图依附直系，后徐树铮从北京逃来福州，策动第二十四旅旅长王永泉驱李，代为闽督。1922๐年秋，曹锟召孙传芳至京，命其发兵援闽。192๐3年初，孙传芳即由á宜昌赴南昌，约定周荫人并邀请督署参谋长刘宗纪道入闽。复由九江秘密赴南京，与江苏督军齐燮元达成在适当时机夹攻浙江卢永祥的协议。
福建帮办王永泉，直隶省人，亦系留日士官生出身，当时在直系大军压境下，何去何从，举棋不定。孙传芳致电王永泉说明周荫人援闽，希双方แ合作，王永泉当即复电欢迎。周荫人率部由南昌经抚州ะ临川ษ，由杉关入闽，经邵武，沿闽江而下，直抵福州ะ，与王永泉同学相晤，畅叙旧谊。孙传芳亦督第二师两ä个旅并配备炮兵工程，相继入闽，留张俊峰旅驻扎邵武，由孟昭月旅๓直驱福州。孙周二师在王永泉王永彝昆弟未抵抗之下，顺利地进驻了福建。
1923๑年3月，孙传芳被任命为福建军务督理。孙传芳与王永泉虽是日本士官学校同学，但彼此政治背景不同，关系并不融洽，加以福建军政实权仍多掌握在王之手中，因此孙传芳决计驱王。1้0月，周荫人袭击王永泉，王声明下野，逃往上海。王被驱后，臧致平杨化昭及王永彝等在闽南兴兵反孙传芳，意欲联合粤浙奉系各方แ面力量，联合发起倒直战争。192๐4年春，孙传芳抽调兵力，交由á周荫人卢香亭率领，并联合福建地方势力高义谢定国张毅等民军，向闽南臧杨发动进攻。双方在同安带展开鏖战，臧杨败退，经由á漳州龙岩，最后由汀州入江西，逃入浙江，投奔卢永祥。闽南民军纷纷通款于孙周，闽事大定。
1้924年9月，曹锟政府任命孙传芳为闽浙巡阅使兼浙江军务督理，1้92๐5年授恪威แ上将军勋位。
1924年9月，江浙战争起，双方陈兵于淞沪之间。孙传芳与齐燮元原来就有合力夹击浙卢之密谋，在此江浙战端初启之际，孙传芳向吴佩孚请缨，入浙援苏，吴允其所请。孙传芳以闽浙联军总司令名义，出兵援齐。是时，奉天张作霖提兵西向入关，援助卢永祥，通电å讨直。孙传芳挥师北上，直指闽浙界上之仙霞岭。孙传芳派卢香亭及谢鸿勋两ä个旅๓向仙霞岭挺进，命孟昭月旅为ฦ后继。浙江方面，精锐部ຖ队几乎全部调布前线，杭州ะ由陈仪等地方旅团及夏超警备队驻守，衢州江山等后方仅留臧致平杨化昭部及地方แ部队警戒，及闻孙军由á闽入浙，临ภ时急派陈仪旅及张国威炮兵团增援仙霞岭。卢永祥系山东人，本来在浙江的地位就不十分巩固，沈钧儒等浙江人士曾再提出地方自治，江浙战争起，更促进浙人倒卢之举。卢派陈仪张国威抗孙传芳，但陈始终未去前方，张则白旗高挂，开门迎敌，借以驱卢。孙传芳进入浙境后，即任命张国威为ฦ炮兵总司兵，并令其为向导，直取杭州。卢永祥见大势已去，退守嘉ล兴。孙传芳又在杭州ะ守备司令夏超的欢迎下，和平进入杭州。这个陈仪1้88๖3—1950่后来投向国民党，后有投共嫌疑，被蒋介石枪毙。
之后，孙军乘๖胜追击，与齐燮元部夹击卢部于淞沪。卢永祥大败，只得通电下野。孙齐连翩莅沪，执手言欢。卢残部约五个师的兵力，悉为孙传芳收编。
第二次直奉战争本来因张作霖援助浙江卢永祥引起，奉系得势后，即派张宗昌率师挟卢南下，向江苏齐燮元夺回地盘。孙传芳有唇亡齿寒之危。孙传芳本系曹吴所培植并以驱浙卢而发展起来的，现曹吴既倒，孙传芳应如何适应新形势以谋自处，考验着他的“智慧”。他决定看风使舵，首先应取得奉张之谅解，借以缓燃眉之急。于是，孙传芳派人与奉系取得联系。奉张此时亦有意笼络孙传芳，停止向浙进军。张宗昌率部攻克上海后，约孙传芳会晤，结为金兰。齐燮元被迫下台，不久卢永祥出任江苏督办，与孙签订了江浙互不侵犯的和平公约，双方แ取得暂时妥协。
1925年春，孙传芳派人去奔走于段祺瑞门下，以取得段对他的谅解与支持。段也有意拉拢他，孙传芳表示ิ段为其师辈，自当竭诚拥戴。为了讨好粤方北伐军，复令人赴沪面见章太炎张继等人，试图与南方联络，以缓后顾之忧。孙传芳方แ面积极打通各方关系，方面整顿内部实力，等待机会，再图扩张。其后，他又对部队加以整饬扩充，兵力益强。