中枢的管理又被官僚习气所掣肘，这是中央集权很难避免的结果。中ณ央对很多边远县份的实际情形无法直接获知，只能依赖地方แ官的报告。这种文书从地方送达中枢就常常需要一个月。执笔者铺陈情事，动辄使用自古以来最为华丽的辞藻，可是他们却足不出户，所引用的统计资料也许已经一百年没有修订过。中枢的大厦坐落在无数含糊暧昧所叠砌的基础之上，于是就必须ี找出自己的行政管理办法。
申时行既ຂ然身居首辅，他不能不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部院寺，各有其官方的组织，但是背后又有他们的私人派系。他有一次在给朋友的信内提到这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别。可是他有什么办法?他自己้还不是依靠张居正的栽培才有今天的地位?申时行不是理想家，他深知人类的弱点不能完全避免，张居正一案已成过去，他现在的任务是要竭诚帮助年轻的皇帝治理国家大事，当务之ใ急是增加文官之ใ间的互相信赖，与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。正因为如此，他被很多人目为放弃理想以妥协为前提的政客。然而还有人比他更为务实，认为所有伦理道德全是空中楼阁，最多也不过是一种理想和一种装饰。对这种看法，申时行也不能同意。理想与装饰究竟不同于虚伪，一个人仍能以此作为去推行他的诚意。
要影响全体文官，申时行必须首先提供自己้的诚意。他宁可被目为大和事佬，甚至被批评为ฦ牺牲原则的政客，但他坚持他调济折衷的原则。他确实看透了国家为解决问题而设立文官，但国家的最大问题也就是文官。而奇怪的是，以张居正的精明练达，竟忽视了这样基本而简单的事实。
根据传统习惯，皇帝为ฦ皇太子时即应就读，受傅于翰林院诸学士，称为东宫出阁讲学。登极之后，除继续就读而外，他还要出席另一种形式的讲学，即所谓经筵。经筵于春秋两季气候温和之时举行，每月三次。每次经筵，所有六部尚书、左右都御史、内阁大学士和有爵位的朝臣勋戚都要一体参加，还有给事中、御史多人也在听讲的行列中出现4。
在正面阐述圣贤之道的时候，讲官可用极委婉的言辞，在不妨碍尊严的条件下对皇帝作必要的规劝。皇帝在经筵上可以提出问题，甚至说明他不同的观点，但是责问或指斥ม讲官，
对于张居正及其遗属的处理，在1583年夏季以前，万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想适可而止，以全始终。又过了一年，即1584年阳历五月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个ฐ人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。
事态既然发展到这一地步，万历已经无法后退。对这两ä年的一切措施ๅ，也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位，一则缺乏证据，二则ท对皇室也并无裨益，所以，在抄家四个ฐ月之后，即1584๒年阳历九月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。他的弟弟和两个儿子被送到烟瘴地面充军。
但是不论张居正如何精明干练，皇帝私生活中有一条他是永远无法干预的，这就是女色。皇宫里的几千名宫女都归皇帝ຓ一人私有，皇帝ຓ与她们中的任何一个发生关系都合理合法。作为法定的妻子，天子有皇后一人，经常有皇贵妃一人，还有数量更多的妃和嫔。有鉴于正德皇帝死而无后，朝廷内外都一致认为皇帝ຓ应该拥有许多妃嫔，以广子嗣。万历一天而册封九嫔，就得到过张居正的赞助。
万历长子朱常洛，即明光宗。1582๐年可谓多事之ใ秋。朝廷上另一件惊天动地的大事接着发生，元辅张居正没有来得及参与这次大庆，竟溘然长逝。开始得病，据说只是腹疾，有的医生建议用凉药下泄即可痊愈。但不久即病情转剧而至不治，这实非意料之ใ所及。张先生一心想整理全国赋税，曾于1580年终以万历名义实施全国耕地丈量。量后统计还未开始，而他竟然赍志以没，抱恨终天。像他这样具有充沛精力的活动人物享年仅五十七岁，使很多人为之ใ惊悼，但也有很多人在私下额手相庆。在他去世前九天，万历加封他以太师衔，这是文臣中ณ至高无上的官衔，在本朝二百年的历史中从未有人在生前得到这个荣誉。但是由于疾病很快夺去了他的生命，他已๐经无法利用这个新的荣誉再来增加自己的权威แ。
首先打破这一传统的是第十代的正德皇帝，即万历的叔祖。正德的个性极强，对于皇帝的职责，他拒绝群臣所代表的传统观念而有他自己的看法和做法。他在位时，常常离开北京，一走就是几个ฐ月甚至长达一年。而住在北京期间，他又打破陈规，开创新例，有时竟在深夜举行晚朝，朝罢后又大开宴席，弄到通宵达旦ຆ。对这些越轨的举ะ动，臣僚们自然难于和他合作，他也就撇开正式的负责官员而大加宠用亲信的军官和宦官。对负主要行政责任的内阁，在他眼里不过是一个传递消息的机构而已๐。凡此种种，多数文臣认为迹近荒唐，长此以往，后果将不堪设想。
张居正一案的