张居正既ຂ被参奏，就按照惯例停止一切公私往来，在家静候处置。但是暗中的活动并没有停止，他的意图会及时传达到冯保和代理阁务的二辅那ว里。个ฐ中详情，当然没有人可以确切叙述。我们所能知道的就是严厉的朱笔御批，参张的官员一律受到严惩。他们的罪名不在于触犯首辅而在于藐视皇帝ຓ。
次年，即157๕8年，张居正服用红袍玉带参与了皇帝的大婚典礼。礼毕后又换上布袍角带回籍葬父。他从阳历四月中旬离京，七月中ณ旬返京，时间长达三个月。即使在离京期间，他仍然处理重要政务，因为ฦ凡属重要文件，皇帝还要特派飞骑传送到离京一千里的江陵张宅请张先生区处。
本朝这种以阁臣代行相职的制度，来源于开国之ใ君为了巩固政权而做出的苦心设计，目的是使皇权不被分割，也不致为旁人取代。这种皇帝ຓ个人高度集权的制ๆ度在有明一代贯彻始终。从理论上讲，皇帝的大权不应旁落，但这种理论并不总是能和实际相一致的。万历皇帝九岁临朝，又如何能指望他乾ດ纲独断，对国家大事亲自来做出决定多年之后，万历皇帝回顾当时的情形，也会清楚地记得他不过是把大伴冯保的指示ิ告诉元辅张先生，又把元辅张先生的票拟按照ั大伴冯保的建议写成朱批。对于年幼的万历皇帝，张、冯两ä人都不可或缺。但在他冲龄之际，自然也决不可能预见到内阁大学士和司礼太监的密切合作，会给今后的朝政带来多么严重的后果。
万历皇帝学习的地方是文华殿。157๕2年秋天以后，他每天的功课有三项内容：经书、书法、历史。学习完经书以后，授课老师可以到休息室小憩，但皇帝本人却并不能那么清闲。这时候就出现了大伴冯保和其他宦官，他们把当天臣僚上奏的本章进呈御览。这些本章已经由各位大学士看过，用墨笔作了“票拟”。在冯保和其他宦官的协助下，皇帝用朱笔作出批示。
在这样严厉的督导之下，万历的学习不断ษ取得进步。他被教导说，做皇帝的最为重要的任务是敬天法祖，也就是敬重天道，效法祖宗。这种谆谆的教导在万历身上起到的作用很快就为一件事情所证明。当他登极还不满四个月，有客星出于阁道旁，其大如盏，光芒烛地。这颗被今天的天文学家称为supernova或anno15๓72的出现，在当时被人们看成是上天将要降灾的警告。按照张先生的教导，万历赶紧检讨自己的思想、语言和行动，加以改正，以期消เ除天心的不快。这次“星变”延续了两年之久ื，皇帝的“修省”也就相应地历时两年，并且在今后相当长的时间内，他不得不注意节俭，勤勉诚恳地处理政务和待人接物，力求通过自己้的努力化凶为吉。
也就是在此之前不久ื，万历册封他的爱妃郑氏为ฦ皇贵妃，并预先公布礼仪以便各有关衙门作必要的准备。消息传来，就有一位给事中上疏提出异议，其理由为ฦ：按照伦理和习惯，这种尊荣应该首先授予皇长子的母亲恭妃王氏，德妃郑氏仅为皇三子的母亲，后来居上，实在是本末颠倒。这一异议虽然引起万历的一时不快，但册封典礼仍按原计划进行7。谁也没有想到，这一小小的插曲，竟是一场影响深远的政治斗争的契机，导致了今后数十年皇帝与臣僚的对立，而且涉แ及到了整个帝ຓ国。
宦官启奏：“万岁爷，冯保纵有天大的胆子也不敢如此妄为！”
于是依计而行，下诏宣布冯保有十二大罪，欺君蠹国，本应判处极刑，姑念尚有微功，从宽发往南京闲住。这位大伴从此终身被软禁于南京孝陵，死后也葬在孝陵附近。他的财产全部被没收。从法律观念上来说，皇帝拥有天下的一切，私人之所以得以拥有财产，这是出于皇帝的恩典和赏赐。皇家的恩典在冯保身上一经撤去，抄家即为应有的文章，无须多作解释。没收所得的财产，虽然不能像别人所说的那样骇人听闻，但也极为可观。万历皇帝对此既喜且怒：当时皇弟潞王成婚在即，这批珠玉珍异正好用得其所；而一个宦官居然拥有如许家财，可见天子的大权旁落到了什么เ程度!
依此类推，还应该没收张居正的财产，因为他比冯保罪恶更大而且更富。但是万历一时下不了这个ฐ决心。一提到张居正，各种复杂的记忆就会在他的心头涌集。所以，在冯保被摈斥ม后，有一位御史继续上本参奏张居正十四大罪，皇帝用朱批回答说，张居正蔽主ว殃民，殊负恩眷，但是“侍朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。
然而在两年之后，即1584年，万历就改变态度而籍没了张居正的家。这一改变的因素可能有二，其一为郑氏的作用，其二为ฦ慈圣太后的干预。郑氏在1้583年由淑嫔升为德妃，1584年又进为贵妃，这几年间已经成为皇帝生活中的重心。在朝臣的心目中，她不是一个安分守己的妇女，万历的种种重大措施，很难说她未曾与闻，因为对皇帝，在当时没有人比她有更大的影响。也许正是在她的影响之下，皇帝的心肠才陡然变硬。至于慈圣太后家族和张居正之间的嫌隙，已๐如上文所述。张居正在世之日，武清伯自己曾被申饬，受到监视，对自己的言行不得不十分谨慎检点。等到张居正一死，情况就急转直下。三个月之后，武清伯被提升为武清侯，整个朝廷的倾向，由于对张居